国家税务总局科研所课题组提出的“费改税”的基本思路是：根据对我国收费项目按性质分类，实现由费改税，应本着先清理、整顿，区分性质，而后逐步改税的原则。总的指导思想是分类进行：取消收费项目由费改税一部分；收费项目保留一部分；降低收费标准一部分；收费改为价格一部分。实行“费改税”是近两年财税体制改革的重要环节，既要扎实推进，又要处理好各方面的关系。因此，其基本设想和具体改革措施是：对于省级以下地市、县、乡等四级政府自行设立的各种收费项目应分两年全部取消，确需保留的项目，经清理后由省政府报国务院批准；行政单位的经营性收费项目应全部取消；将行政单位收取的大部分行政性规费改为税收；将事业单位收取的有偿性工本费、手续费等，实行一部分保留，一部分合并，一部分根据成本情况以不盈利或少盈利为原则降低标准；将事业单位收取的带有经营性质的收费改为价格。